Il territorio di San Benigno è compreso tra i torrenti Malone e Orco: prevalentemente pianeggiante comprende anche una piccola porzione della collina morenica detta Vauda. La storia del comune è strettamente legata a quella della famosa Abbazia di Fruttuaria, fondata nel 1003 da Guglielmo da Volpiano.
Il centro storico comprende il Ricetto e una zona più ampia che disegna un quadrilatero delimitato dalle cappelle dei quattro borghi principali.
Del ricetto medioevale (1400) rimangono, oltre all'assetto delle vie, una delle tre porte e una delle torri d'angolo oltre a tracce di altre torri. Su alcune facciate si possono ancora vedere parti di finestre bifore e di decorazioni in cotto.